Quỹ Sophia Kovalevskaia được thành lập do sáng kiến và sự đóng góp về tài chính của bà GS.TS Ann Koblitz - người Mỹ và chồng bà là GS.TS Neal Koblitz. Bà đã từng sang Liên Xô học tập, viết luận án tiến sĩ về nhà nữ toán học Nga Kovalevskaia. Luận án của bà đã được đánh giá cao và được in thành sách. Bà đã quyết định dùng số tiền nhuận bút của cuốn sách này và vận động thêm sự ủng hộ của một số nhà khoa học ở Mỹ để lập ra Quỹ Sophia Kovalevskaia. Mục đích của Quỹ là động viên, khuyến khích hoạt động nghiên cứu khoa học của phụ nữ ở những nước đang phát triển dưới hình thức trao Giải thưởng Kovalevskaia cho các nhà khoa học nữ xuất sắc thuộc lĩnh vực khoa học tự nhiên.

Quỹ đã hỗ trợ cho 8 nước đang phát triển là: Peru, El Salvador, Nicaragua, México, Cuba, Nam Phi, Mozambic và Việt Nam. Từ năm 1985, Giải thưởng Kovalevskaia bắt đầu đến với các nhà khoa học nữ ở Việt Nam.

Cho đến năm 2016, tại Việt Nam, giải thưởng đã được trao cho 45 cá nhân và 18 tập thể các nhà khoa học nữ xuất sắc, tiêu biểu trong lĩnh vực khoa học tự nhiên.

Hiện nay tại Việt Nam, Lễ trao Giải thưởng này do Hội Liên hiệp Phụ nữ Việt Nam thực hiện. Bà Nguyễn Thị Bình, nguyên Phó chủ tịch nước Việt Nam là chủ tịch Ủy ban giải thưởng Kovalevskaia Việt Nam từ năm 1985 đến năm 2016. Hiện nay GS. TS Nguyễn Thị Doan, nguyên Phó chủ tịch nước Việt Nam là chủ tịch Ủy ban giải thưởng Kovalevskaia Việt Nam